Казахстанская инновационная академия – молодой вуз, но он имеет богатые академические традиции, поскольку основой для его появления, становления и дальнейшего развития стала Казахская финансово-экономическая академия.
Казахская финансово-экономическая академия, в свою очередь была основана в 1992 году как Агротехнологический университет. В 1994 году вуз был переименован в Семипалатинский институт бизнеса и предпринимательства, в 2000 году в Казахский финансово-экономический институт, в 2008 году институт был переименован в Казахскую финансово-экономическую академию.
Основателем и президентом является Апсалямов Надирбек Апсалямович — докт. экон. наук, проф., действительный член АЕН Республики Казахстан. Награжден Орденом «Құрмет», юбилейными медалями «20 лет Независимости», к 100-летию В.И.Ленина, знаками «Почетный работник образования РК», «Отличник образования КазССР», «Отличник образования СССР», медалью «INSAM» за безупречную деловую репутацию 2006 г. Женева и др.
В Казахской финансово-экономической академии функционировали три факультета: финансово-экономический, учетно-экономический и заочного обучения. Академия вела подготовку по различным направлениям и специальностям.
Бакалавриат: Экономика, Финансы, Учет и аудит, Менеджмент, Юриспруденция, Маркетинг, Государственное и местное управление, Туризм, Информационные системы, Вычислительная техника и программное обеспечение, Оценка. 
Магистратура: Маркетинг, Менеджмент, Экономика, Информационные системы, Финансы, Учет и аудит.
Для подготовки востребованных специалистов в КазФЭА были созданы все необходимые материально-технические условия: учебные и лекционные аудитории, компьютерные классы, электронная библиотека, читальные залы, спортивные, тренажерные залы, столовая, дебатная и вокальные студии. В вузе регулярно проводились республиканские, международные научно-практические и научно-теоретические конференции, семинары. Учеными КазФЭА ежегодно выполнялись хоздоговорные и прикладные научно-исследовательские работы. Академия ежеквартально издавала научно-теоретический журнал «Вестник КазФЭА — ҚазҚЭA хабаршысы», выпускалась вузовская газета «Бизнес – болашақ». В 2011 году КазФЭА выиграла грант на три года по программе «ТЕМПУС» на выполнение исследовательского проекта по теме «Студенческое самоуправление».
Договоры о сотрудничестве были заключены между Варненским университетом (г.Варна, Болгария) и КазФЭА, в рамках которого предусматривалось обучение студентов по специальности «Туризм». Академия сотрудничает с двумя американскими колледжами из г.Солт-Лейк-Сити (штат Юта) и г.Санкт-Петербурга (штат Флорида), имеет опыт сотрудничества с российскими и казахстанскими вузами. Партнерами академии являются: Сибирская академия финансов и банковского дела (САФБД), Новосибирский государственный технический университет им. И.И.Ползунова, Омский государственный технический университет, Омский государственный аграрный университет, Томский государственный технический университет, Сибирский научно-исследовательский институт экономики сельского хозяйства при СО РАСХН, Казахский экономический университет им.Т.Рыскулова, университет «Туран» и другие. Издаются совместные с партнерами монографии («Влияние стратегического партнерства вузов на повышение эффективности экономического сотрудничества России и Казахстана» — 2007, «Стратегическое партнерство вузов как фактор повышения эффективности экономического сотрудничества России и Казахстана» — 2008, «Непрерывное профессиональное образование» — 2009 и др.), сборники научных трудов ППС и другие научные публикации.
В 2004 году Правление «Международного фонда за высокое качество в деловой практике» (FЕBP, Швейцария) удостоило КазФЭИ в лице его президента профессора Н.Апсалямова Золотой медали «За высокое качество в деловой практике». В 2007 году Казахская финансово-экономическая академия была удостоена международной награды «EUROPEAN QUALITY» («Европейское качество»). В 2008 году решением Ученого совета САФБД КазФЭА была удостоена статуса «Золотой партнер». Президенту КазФЭА Апсалямову Н.А. присуждена международная награда имени Сократа за личный вклад в интеллектуальное развитие современного общества.
В мае 2013 года КазФЭА поменял статус и был преобразован в Казахстанский инновационный университет. Комитет по контролю в сфере образования и науки МОН РК 18.06.2013 года выдал Генеральную лицензию № 13009604 на право ведения образовательной деятельности по программам высшего и послевузовского образования. В настоящее время Казахстанская инновационная академия осуществляет подготовку по 15 специальностям бакалавриата и 8 специальностям магистратуры.