Қазақстан инновациялықуниверситеті– жас жоғары оқу орны ( бұдан былай қысқаша— ЖОО), бірақ оның дүниеге келіп, әуелгі қалыптасуы мен даму негізі Қазақ қаржы-экономикалық академиясы болғандықтан жинақтаған бай академиялық дәстүрлері бар. Қазақ Қаржы-экономикалық академиясы 1992 жылы Агротехнологиялық университет болып негізін қалады. 1994 жылы атауы Семей бизнес және кәсіпкерлік институты болып өзгерді. 2000 жылы Қазақ қаржы-экономикалықинституты, ал 2008 жылы Қазақ Қаржы-экономикалық академиясы болып құрылды.Оның негізін салушы және президенті Әпсәләмов Нәдірбек Әпсәләмұлы –экономика ғылымдарының докторы, профессор, Қазақстан Республикасы Жаратылыстану Ғылымдары Академиясының мүшесі. «Құрмет» орденімен, «В.И.Лениннің 100 жылдығына», «Тәуелсіздікке 20 жыл» мерейтойлық төсбелгілерімен марапатталған. «ҚазКСР білім беру ісінің үздігі», «КСРО білім беру ісінің үздігі», «ҚР білім беру ісіне еңбегі сіңген қайраткер», 2006 ж. Женевада мінсіз іскерлік абыройлы қызметі үшін «INSAM» төсбелгісін( медалін) алды және т.б.
Қазақ Қаржы-экономикалық академиясында үш факультет болды: «Қаржы-экономикалық», «Есеп-экономикалық» және сырттай оқыту бөлімі. Академия түрлі бағыттар мен мамандықтар бойынша мамандар даярлады.
Бакалавриат: «Экономика», «Қаржы», «Есеп және аудит», «Менеджмент,» «Құқықтану», «Маркетинг», «Мемлекеттік және жергілікті басқару», «Туризм», «Ақпараттық жүйелер», «Есептеу техникасы және бағдарламалық қамту», «Бағалау».
Магистратура: «Маркетинг», «Менеджмент», «Экономика», «Ақпараттық жүйелер», «Қаржы», «Есеп және аудит». 
Сұранысқа ие мамандарды даярлауда ҚазҚЭА-да материалдық-техникалық жағдайлардың барлығы жасалды: оқу және дәріс аудиториялары, компьютерлік сыныптар, электронды кітапхана, оқу залдары, спорттық-тренажерлық залдар, асхана, дебаттық және вокальдық студиялар. ЖОО-да жүйелі түрде республикалық, халықаралық ғылыми -практикалық және ғылыми-теориялық конференциялар, семинарлар өткізіліп тұрды. ҚазҚЭА ғалымдарымен жыл сайын шаруашылық келісімшартты және қолданбалы ғылыми-зерттеу жұмыстары орындалды. Академия тоқсан сайын «ҚазҚЭА хабаршысы» –«Вестник КазФЭА» ғылыми-теориялық журнал шығарып отырды, ЖОО студенттеріне арналған «Бизнес-болашақ» газеті шығарылды. 2011 жылы ҚазҚЭА «ТЕМПУС» халықаралық бағдарламасы бойынша «Студенттік өзін-өзі басқару» тақырыбының зерттеу жобасын орындауға үш жылға грант ұтып алды.
«Туризм» мамандығы бойынша студенттерді оқыту қарастырылған шеңберде ынтымақтасып қызмет жасау туралы Варна университетімен (Варна қаласы, Болгария) және ҚазҚЭА арасында келісімшарт жасалынды. Академия Солт-Лейк-Сити (Юта штаты) және Санкт-Петербург (Флорида штаты) қалаларындағы екі колледжбен бірлесіп қызмет атқарады, Ресей және өз еліміздің жоғары оқу орындарымен де ынтымақтасып қызмет атқаруда жинақтаған тәжірибелері бар. Академия серіктестері: Сібір Қаржы және банк ісі академиясы (САФБД), И.И.Ползунов атындағы Новосібір мемлекеттік техникалық университеті, Омбы мемлекеттік техникалық университеті, Омбы мемлекеттік аграрлық университеті, Томск мемлекеттік техникалық университеті, СО РАСХН жанындағы ауылшаруашылығы экономикасы Сібір ғылыми-зерттеу институты, Т.Рысқұлов атындағы Қазақ экономикалық университеті, «Тұран» университеті және басқалар. Серіктестермен бірлескен монографиялық еңбектер шығарылды («Ресей мен Қазақстанның экономикалық ынтымақтастығының тиімділігін көтеруге жоғары оқу орындарының стратегиялық серіктестіктерінің ықпалы» — 2007 ж., «Ресей мен Қазақстанның экономикалық ынтымақтастығының тиімділігін көтеру факторы тұрғысындағы ЖОО-лардың стратегиялық серіктестігі» — 2008 ж., «Үзіліссіз кәсіби білім – 2009 ж. және т.б.), профессор-оқытушылар құрамының (ПОҚ) ғылыми еңбектерінің жинағы және өзге де жарық көрген ғылыми басылымдар.
2004- жылы «Іскерлік практикада жоғары сапаға жетіскені үшін» Халықаралық қор Басқармасы (FЕBP, Швейцария) ҚазҚЭА-ға, оның президенті, профессор Н.Әпсәләмовқа «Іскерлік практикада жоғары сапаға жетіскені үшін» Алтын төсбелгі( медаль) табыс етті. 2007 — жылы Қазақ Қаржы-экономикалық академиясы халықаралық «EUROPEAN QUALITY» («Еуропалық сапа») белгісімен( награда) марапатталды. 2008 — жылы САФБД Ғылыми Кеңесінің шешімімен ҚазҚЭА-ға «Алтын серіктес» мәртебесі( статусы) берілді. ҚазҚЭА президенті Н. Әпсәләмовқа заманауи қоғамның зияткерлікпен дамуына қосқан жеке үлесі үшін Сократ атындағы халықаралық марапат белгі(награда) табыс етілді.
2013-ші жылдың мамырында ҚазҚЭА статусын өзгертті, Қазақстан Инновациялық Университеті болып қайта құрылды. ҚР БҒМ Білім және ғылым саласын бақылау жөніндегі Комитетпен жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі бағдарлама бойынша білім беру қызметімен айналысуға құқық беретін 18.06.2013 ж. № 13009604 Бас лицензия берілді.
Қазіргі уақытта Қазақстан Инновациялық Университеті бакалавриаттың 15 мамандығы және магистратураның 8 мамандығы бойынша мамандар даярлауды жүзеге асырып отыр.